专利法修改前，专利管理机关查处假冒专利行为采取教育与处罚相结合的办法，主要是从商业流通领域入手，如商场、药店等，这些商场、药店有正规的进货渠道，一旦商品存在假冒专利行为，则对商家直接处罚，由商家联系厂家处理，便于专利管理执法部门开展工作。新修改的《专利法》和《专利法实施细则》自2009年10月1日起施行后，减轻了对销售假冒专利行为商家的处罚，加大了对假冒专利行为生产厂家的处罚。实施细则第84条最后一款规定，“销售不知道是假冒专利的产品，并且能够证明该产品合法来源的，由管理专利工作的部门责令停止销售，但免除罚款的处罚”。现在正规商场、超市、药店的进货基本都有合法来源，由于大部分假冒专利产品生产厂家与经销商家不在一地，又由于执法受区域限制，给查处假冒专利行为增加了难度。当检查到假冒专利商品时不能对异地厂家进行处罚，只能采用整改等措施。针对目前的情况，依据法律规定，提出以下专利管理机关查处假冒专利行为的工作方式方法。
一、改变执法策略
一是改变原来的以查处商品流通领域为重点的工作思路，变为以生产领域重点检查为主，同时注重流通领域宣传教育，查处假冒专利产品的生产源头，取缔制假、售假窝点，堵住市场入口，从源头上杜绝假冒专利产品进入市场。二是对本地的企业生产的专利产品建立登记制度，即企业每半年对已上市或即将上市的专利产品报送专利管理机关进行检索，专利管理机关对在检索过程中发现的问题通知企业限期改正。三是对检查到的假冒专利产品有合法来源的，被查单位暂停对该产品的销售，并进行整改提供产品的来源渠道。四是帮助商业企业建立专利产品购销管理制度。从专利产品的签约、进购、验收、入库等每道工序都严格把关。专利管理部门定期评选出一批“经销专利产品信得过单位”，使经营者重视，消费者放心。
二、形成执法网络
在新专利制度下，全国应形成跨地区统一执法网络，有效遏制假冒专利行为。例如甲省执法人员在商场检查到带有专利号的某食品，经查检，该专利号已欠费终止，产品外包装上标注该食品是乙省某企业生产的。因为执法权限的限制，不能到权限范围外的地方执法，这给查处假冒专利工作带来了一定难度，假如在全国范围内形成跨地区执法网络，建立执法信息通报机制，查处工作就由被动变为主动，使执法工作顺利地开展。
三、加大执法力度
一是建立知识产权预警机制，提高行政执法效率和预防能力，加强对专利违法案件的处理能力；二是突出工作重点，采取主动出击与群众举报相结合等形式，广泛收集线索，认真查证核实；三是对关系人民群众生命安全的食品、药品等领域的假冒专利行为进行集中整治，对立案的案件，加强后续动态的跟踪调查，发现继续违法的严厉查处，涉嫌犯罪的移送公安部门处理；四是加强与工商、公安、法院、技术监督、海关、新闻媒体等部门的联合，加强工作统筹与协调，建立部门间的快速反应协作机制，互相支持、互相配合，提高协同执法能力。
四、作好宣传工作
充分利用“4·26”世界知识产权日、“3·15”消费者权益保护日、专项活动日及报刊、广播、电视、互联网等媒体，加强舆论宣传，对重大典型案例进行暴光，提高舆论的震慑、警示和导向作用，增强全社会知识产权保护意识，营造良好的社会监督氛围。在普及保护知识产权知识的同时，充分发挥举报电话、12330维权服务电话、举报信箱、电子邮箱等作用，为广大人民群众提供假冒专利行为投诉举报渠道，以便专利管理执法部门及时查处。
一、改变执法策略
一是改变原来的以查处商品流通领域为重点的工作思路，变为以生产领域重点检查为主，同时注重流通领域宣传教育，查处假冒专利产品的生产源头，取缔制假、售假窝点，堵住市场入口，从源头上杜绝假冒专利产品进入市场。二是对本地的企业生产的专利产品建立登记制度，即企业每半年对已上市或即将上市的专利产品报送专利管理机关进行检索，专利管理机关对在检索过程中发现的问题通知企业限期改正。三是对检查到的假冒专利产品有合法来源的，被查单位暂停对该产品的销售，并进行整改提供产品的来源渠道。四是帮助商业企业建立专利产品购销管理制度。从专利产品的签约、进购、验收、入库等每道工序都严格把关。专利管理部门定期评选出一批“经销专利产品信得过单位”，使经营者重视，消费者放心。
二、形成执法网络
在新专利制度下，全国应形成跨地区统一执法网络，有效遏制假冒专利行为。例如甲省执法人员在商场检查到带有专利号的某食品，经查检，该专利号已欠费终止，产品外包装上标注该食品是乙省某企业生产的。因为执法权限的限制，不能到权限范围外的地方执法，这给查处假冒专利工作带来了一定难度，假如在全国范围内形成跨地区执法网络，建立执法信息通报机制，查处工作就由被动变为主动，使执法工作顺利地开展。
三、加大执法力度
一是建立知识产权预警机制，提高行政执法效率和预防能力，加强对专利违法案件的处理能力；二是突出工作重点，采取主动出击与群众举报相结合等形式，广泛收集线索，认真查证核实；三是对关系人民群众生命安全的食品、药品等领域的假冒专利行为进行集中整治，对立案的案件，加强后续动态的跟踪调查，发现继续违法的严厉查处，涉嫌犯罪的移送公安部门处理；四是加强与工商、公安、法院、技术监督、海关、新闻媒体等部门的联合，加强工作统筹与协调，建立部门间的快速反应协作机制，互相支持、互相配合，提高协同执法能力。
四、作好宣传工作
充分利用“4·26”世界知识产权日、“3·15”消费者权益保护日、专项活动日及报刊、广播、电视、互联网等媒体，加强舆论宣传，对重大典型案例进行暴光，提高舆论的震慑、警示和导向作用，增强全社会知识产权保护意识，营造良好的社会监督氛围。在普及保护知识产权知识的同时，充分发挥举报电话、12330维权服务电话、举报信箱、电子邮箱等作用，为广大人民群众提供假冒专利行为投诉举报渠道，以便专利管理执法部门及时查处。