近年来，菏泽市不断整合、优化科技资源，加大鼓励支持力度，区域创新体系渐趋完善。
一是技术研发体系日益健全。大力推动以企业为主体的技术创新体系建设，鼓励支持企业建立各类创新平台，引导创新要素向企业聚集。全市已有130多家企业建立了技术研发机构，其中市级企业技术中心100家、工程技术研究中心19家，省级以上企业技术中心27家、工程技术研究中心5家、重点实验室1家、院士工作站1家。玉皇化工于2007年成立省级碳五工程技术研究中心，今年又投资2.4亿元新建了省级聚烯烃项目研发中心。
二是科技服务体系实现较大突破。按照全市整体发展战略和重点产业振兴需要，着手超前谋划，加强统筹协调，搞好顶层设计，不断加强以科技服务机构为主体的科技服务体系建设。市大型科学仪器协作共用平台、市科技信息情报服务平台、市科技企业孵化器、山东省鲁南药物研究院等一批科技创新公共服务平台相继建设，面向全社会开展优质化科技服务。其中，山东省鲁南药物研究院正在加快建设为立足菏泽、服务鲁南、面向全国的重大医药创新公共服务平台。
三是产学研合作体系稳步扩大。先后组织了“鲁南经济带院士专家菏泽行”等10多次重要科技合作活动；举办了五届菏泽市科技项目洽谈会，每届都邀请50家高校院所百名专家教授与全市100多家企业对接洽谈，共签订合作协议300余项，协议投资额20亿元；邀请了中科院、工程院院士蒋明华、吴祖泽、徐承恩等几十位著名专家赴菏，指导重点产业和企业科学发展。今年与天津大学联建了天津大学山东化工研究院，在菏泽市建立天津大学人才培养基地、中试和工程化研究基地及成果转化基地；与清华大学等重点高校联办企业管理与创新高级研修班、专业硕士学位班，为菏泽市培养应用型、复合型高层次人才。目前，全市已有220多家企业与国内70余家高校院所建立了长期稳固的科技合作关系。其中，步长制药与山东中医药大学等20余所高校院所合作，成功实施益心解毒颗粒、参仙口服液等15个重大科技合作项目。（卢逍遥）