“强化生态保护，实现持续发展”是山东半岛蓝色经济区建设原则之一。《规划》指出，打造和建设好山东半岛蓝色经济区，有利于探索海洋资源科学开发利用的新模式和海洋生态环境保护的新途径，提高资源利用与配置效率，维护黄、渤海生态平衡与生态安全，提高海洋综合管理水平，促进经济、生态、社会效益的有机统一。要按照建设海洋生态文明的要求，依据不同海域生态环境承载能力，合理安排开发时序、开发重点与开发方式，美化优化人居环境，推动蓝色经济区走上生产发展、生活富裕、生态良好的文明发展道路。
山东半岛蓝色经济区将定位之一确定为：“建设全国重要的海洋生态文明示范区”。科学开发利用海洋资源，加大海陆污染同防同治力度，加快建设生态和安全屏障，推进海洋环境保护由污染防治型向污染防治与生态建设并重型转变。到2015年，单位地区生产总值能耗和主要污染物排放总量持续降低,海陆生态建设和污染治理取得显著成效，环境质量明显改善；到2020年，海洋生态文明建设取得显著成效，单位地区生产总值能耗达到国内先进水平，主要污染物排放总量得到严格控制，区域、海洋生态环境质量不断改善。
节约集约利用资源。重点推进海洋资源、土地资源和水资源的高效利用，加快建立科学的资源开发利用与保护机制。
（1）海洋资源，推行海洋表层、中层、底层立体开发方式，提高海洋资源综合利用效率；加快修编海洋功能区划，实行海洋功能区划定期评估制度；坚持发展与保护、利用与储备并重，加强对重要岸线的监管与保护；严格执行围填海计划，鼓励围填海造地工程设计创新，提高围填海造地利用效率，减少对海洋生态环境的影响；开发超大型海上建筑浮游技术和海底空间利用技术，建设海上水陆两用飞机场，开展海下大型储藏基地建设研究等。
（2）土地资源，严格执行土地利用总体规划和年度计划，统筹土地资源的开发利用和保护，落实耕地占补平衡，依法严格保护基本农田和林地、湿地；严格土地用途管制，重点用好存量建设用地，提高节约集约用地水平；推进未利用地集中连片开发，加快盐田、鱼塘、盐碱荒滩地整理；合理确定新增建设用地规模、结构和时序，提高单位土地投资强度和产出效益；推进征地制度改革，扩大土地有偿使用范围。
（3）水资源，实行最严格的水资源管理制度，大力推广应用节水技术和全过程节水方式，全面推进节水型社会建设；限制发展高耗水行业，支持企业实施节水技术改造；积极推广农业旱作技术，大力发展节水灌溉农业和节水型水产养殖业；鼓励有条件的生活小区、工业企业使用海水淡化水、再生水，加快建设一批海水淡化及综合利用示范城市等。
加强海洋生态建设。依据海洋生态环境承载力，优化生态空间结构，保护海洋生物的多样性，保持海洋生态系统的完整性。
（1）海洋与渔业保护区建设，加大投入力度，加强海洋自然保护区、海洋特别保护区、水产种质资源保护区建设，开展海洋特别保护区规范建设和管理试点，加大渔业产卵场、索饵场、洄游通道和重要水产增养殖区保护力度，构建完善的海洋与渔业保护区体系；到2015年，新建和升级各类保护区约80处，到2020年新建和升级各类保护区约50处。
（2）海洋生态修复与治理，完善海洋资源有偿使用和生态补偿制度，探索建立国家海洋生态补偿机制，支持山东开展海洋生态补偿试点；大力实施柽柳林、海草床、滨海湿地等典型生态系统的保护与修复工程；建立珍稀濒危物种监测救护网络和海洋生物基因库，开展典型海域水生生物和珍稀濒危物种的繁育与养护等。
（3）沿海防护林建设，重点加强海岸基干林带、纵深防护林、消浪（净化）林带建设，实施护岸林和林地资源修复，构筑沿岸生态林防护屏障；加强森林资源保护，提高森林质量，大力推行植树造林，强化农田林网建设，搞好海岸带绿化；到2015年和2020年，区内森林覆盖率分别达到36%和38%左右。
（4）海岸带综合治理，坚持保护岸线的自然属性，维护岸线的稳定性，增强岸线资源利用的复合性；对未开发利用的岸线资源，严格按照规划加强管理，确保科学利用；实施破损岸线和沿海滩涂治理修复工程，开展海岸带综合整治试点，到2015年和2020年，破损岸线治理率分别达到80%和95%。
（5）海岛生态保护，贯彻实施海岛保护法，编制海岛保护规划；加强海岛水土流失防治，开展海岛珍稀野生动物和海洋生物物种救护行动，加快推进生态海岛建设，建设一批海岛生态保护示范区；科学界定海岛功能，禁止不符合功能定位的开发活动，加强海岛及其周边海域生态系统的保护等。
强化海陆污染同防同治。推行严格的环境保护标准和污染物排放总量控制制度，实施海陆统筹、河海兼顾、一体化治理，健全联动治理机制，改善环境质量，提升环境承载能力。
（1）大力推进工业污染治理，实施氮、磷、石油烃等主要污染物总量控制计划；加大对排污企业的监管力度，严格执行总量控制和排污许可证制度；加快燃煤电厂、钢铁等行业脱硫、脱氮设施建设，大幅减少二氧化硫和氮氧化物排放；强化工业颗粒物和粉尘污染治理，加强工业危险固体废弃物的安全处置；完善污水处理基础设施，加快推进生态工业园区建设；发挥藻类、贝类等海洋生物固碳、汇碳功能，大力发展海洋碳汇产业等。
（2）加强农业和生活污染治理，加大土壤污染防治力度，全面推行清洁种植；加强畜禽养殖污染防治，实施集约化、生态化养殖，开展全过程污染控制，全力推行清洁生产、种养平衡、综合利用模式；提高生活废弃物综合处置与利用水平，防止水土流失，控制面源污染；加快沿海城镇污水集中处理设施建设；到2015年，完成所有沿海城镇排水管网建设。
（3）全面开展流域和海洋污染综合治理，开展重点污染源排放、近岸海域环境、海洋生态质量等监测与评价工作，加强对重点入海河流的治理，实施重点海域污染物总量控制工程；严格控制海水养殖污染，加强对河流入海口、重点海湾、近岸海域的污染治理；加强沿海地区环境监管能力建设，建立健全海洋环境突发事件监视监测与应急处置体系等。
大力发展循环经济。认真贯彻落实国家节能减排政策，以提高资源产出率为目标，积极探索循环经济发展模式，加快建设重大资源综合利用项目和节能工程，制订促进海洋循环经济发展的优惠政策，努力打造全国重要的循环经济发展示范区。制定循环经济发展规划，健全完善体制机制。积极推广使用清洁能源，建立再生资源回收、加工和利用体系，建设一批循环经济工业园区。全面推行绿色设计和制造，建设全国重要的新能源汽车和汽车零部件再制造基地。加快重点行业和传统工业低碳技术改造，推行节能产品认证，推广高效节能产品，提高企业节能降耗水平；鼓励现有工业企业向园区转移，推进废水、废气和固体废弃物的集中回收利用。扎实推进钢铁产业结构调整试点，建立资源循环和固体废弃物资源化的循环经济生产体系。提高加工深度，延伸产业链条，建设资源节约型、环境友好型有色金属产业基地。
完善海洋防灾减灾体系。制定实施海洋监测和防灾减灾应急能力建设规划，适时建设国家环黄、渤海海洋灾害预测与防灾减灾中心，加强机构和人才队伍建设，完善省市县三级海洋观测预报和防灾减灾体系。加快推进海洋观测台站、地波雷达监测系统等预报警报设施建设，增加监测观测密度和深度，形成海陆空一体的监测预报网络。着力突破风暴潮、赤潮、绿潮、海冰、海浪、地震海啸等重大海洋灾害精细化预警关键技术，提高海洋灾害监测预警水平。加强海洋气候气象研究，开展气候变化对沿海生态、社会、经济的潜在影响评估，研究制订海洋领域气候变化应对措施，推进海洋灾害风险评估、区划及警戒潮位核定工作。加强海洋气象灾害监测预警和服务能力建设，开展海洋气象灾害精细化预报技术研究，完善台风、寒潮、海上大风、海雾等气象灾害监测预警及应急服务系统。完善海洋灾害应急预案，健全管理机制，构筑海上安全生产和海洋灾害应急救助体系。加强海洋行政执法能力建设，保障用海秩序及海洋环境与生态质量。切实加强海事管理，积极发展海事仲裁业务。
山东半岛蓝色经济区将定位之一确定为：“建设全国重要的海洋生态文明示范区”。科学开发利用海洋资源，加大海陆污染同防同治力度，加快建设生态和安全屏障，推进海洋环境保护由污染防治型向污染防治与生态建设并重型转变。到2015年，单位地区生产总值能耗和主要污染物排放总量持续降低,海陆生态建设和污染治理取得显著成效，环境质量明显改善；到2020年，海洋生态文明建设取得显著成效，单位地区生产总值能耗达到国内先进水平，主要污染物排放总量得到严格控制，区域、海洋生态环境质量不断改善。
节约集约利用资源。重点推进海洋资源、土地资源和水资源的高效利用，加快建立科学的资源开发利用与保护机制。
（1）海洋资源，推行海洋表层、中层、底层立体开发方式，提高海洋资源综合利用效率；加快修编海洋功能区划，实行海洋功能区划定期评估制度；坚持发展与保护、利用与储备并重，加强对重要岸线的监管与保护；严格执行围填海计划，鼓励围填海造地工程设计创新，提高围填海造地利用效率，减少对海洋生态环境的影响；开发超大型海上建筑浮游技术和海底空间利用技术，建设海上水陆两用飞机场，开展海下大型储藏基地建设研究等。
（2）土地资源，严格执行土地利用总体规划和年度计划，统筹土地资源的开发利用和保护，落实耕地占补平衡，依法严格保护基本农田和林地、湿地；严格土地用途管制，重点用好存量建设用地，提高节约集约用地水平；推进未利用地集中连片开发，加快盐田、鱼塘、盐碱荒滩地整理；合理确定新增建设用地规模、结构和时序，提高单位土地投资强度和产出效益；推进征地制度改革，扩大土地有偿使用范围。
（3）水资源，实行最严格的水资源管理制度，大力推广应用节水技术和全过程节水方式，全面推进节水型社会建设；限制发展高耗水行业，支持企业实施节水技术改造；积极推广农业旱作技术，大力发展节水灌溉农业和节水型水产养殖业；鼓励有条件的生活小区、工业企业使用海水淡化水、再生水，加快建设一批海水淡化及综合利用示范城市等。
加强海洋生态建设。依据海洋生态环境承载力，优化生态空间结构，保护海洋生物的多样性，保持海洋生态系统的完整性。
（1）海洋与渔业保护区建设，加大投入力度，加强海洋自然保护区、海洋特别保护区、水产种质资源保护区建设，开展海洋特别保护区规范建设和管理试点，加大渔业产卵场、索饵场、洄游通道和重要水产增养殖区保护力度，构建完善的海洋与渔业保护区体系；到2015年，新建和升级各类保护区约80处，到2020年新建和升级各类保护区约50处。
（2）海洋生态修复与治理，完善海洋资源有偿使用和生态补偿制度，探索建立国家海洋生态补偿机制，支持山东开展海洋生态补偿试点；大力实施柽柳林、海草床、滨海湿地等典型生态系统的保护与修复工程；建立珍稀濒危物种监测救护网络和海洋生物基因库，开展典型海域水生生物和珍稀濒危物种的繁育与养护等。
（3）沿海防护林建设，重点加强海岸基干林带、纵深防护林、消浪（净化）林带建设，实施护岸林和林地资源修复，构筑沿岸生态林防护屏障；加强森林资源保护，提高森林质量，大力推行植树造林，强化农田林网建设，搞好海岸带绿化；到2015年和2020年，区内森林覆盖率分别达到36%和38%左右。
（4）海岸带综合治理，坚持保护岸线的自然属性，维护岸线的稳定性，增强岸线资源利用的复合性；对未开发利用的岸线资源，严格按照规划加强管理，确保科学利用；实施破损岸线和沿海滩涂治理修复工程，开展海岸带综合整治试点，到2015年和2020年，破损岸线治理率分别达到80%和95%。
（5）海岛生态保护，贯彻实施海岛保护法，编制海岛保护规划；加强海岛水土流失防治，开展海岛珍稀野生动物和海洋生物物种救护行动，加快推进生态海岛建设，建设一批海岛生态保护示范区；科学界定海岛功能，禁止不符合功能定位的开发活动，加强海岛及其周边海域生态系统的保护等。
强化海陆污染同防同治。推行严格的环境保护标准和污染物排放总量控制制度，实施海陆统筹、河海兼顾、一体化治理，健全联动治理机制，改善环境质量，提升环境承载能力。
（1）大力推进工业污染治理，实施氮、磷、石油烃等主要污染物总量控制计划；加大对排污企业的监管力度，严格执行总量控制和排污许可证制度；加快燃煤电厂、钢铁等行业脱硫、脱氮设施建设，大幅减少二氧化硫和氮氧化物排放；强化工业颗粒物和粉尘污染治理，加强工业危险固体废弃物的安全处置；完善污水处理基础设施，加快推进生态工业园区建设；发挥藻类、贝类等海洋生物固碳、汇碳功能，大力发展海洋碳汇产业等。
（2）加强农业和生活污染治理，加大土壤污染防治力度，全面推行清洁种植；加强畜禽养殖污染防治，实施集约化、生态化养殖，开展全过程污染控制，全力推行清洁生产、种养平衡、综合利用模式；提高生活废弃物综合处置与利用水平，防止水土流失，控制面源污染；加快沿海城镇污水集中处理设施建设；到2015年，完成所有沿海城镇排水管网建设。
（3）全面开展流域和海洋污染综合治理，开展重点污染源排放、近岸海域环境、海洋生态质量等监测与评价工作，加强对重点入海河流的治理，实施重点海域污染物总量控制工程；严格控制海水养殖污染，加强对河流入海口、重点海湾、近岸海域的污染治理；加强沿海地区环境监管能力建设，建立健全海洋环境突发事件监视监测与应急处置体系等。
大力发展循环经济。认真贯彻落实国家节能减排政策，以提高资源产出率为目标，积极探索循环经济发展模式，加快建设重大资源综合利用项目和节能工程，制订促进海洋循环经济发展的优惠政策，努力打造全国重要的循环经济发展示范区。制定循环经济发展规划，健全完善体制机制。积极推广使用清洁能源，建立再生资源回收、加工和利用体系，建设一批循环经济工业园区。全面推行绿色设计和制造，建设全国重要的新能源汽车和汽车零部件再制造基地。加快重点行业和传统工业低碳技术改造，推行节能产品认证，推广高效节能产品，提高企业节能降耗水平；鼓励现有工业企业向园区转移，推进废水、废气和固体废弃物的集中回收利用。扎实推进钢铁产业结构调整试点，建立资源循环和固体废弃物资源化的循环经济生产体系。提高加工深度，延伸产业链条，建设资源节约型、环境友好型有色金属产业基地。
完善海洋防灾减灾体系。制定实施海洋监测和防灾减灾应急能力建设规划，适时建设国家环黄、渤海海洋灾害预测与防灾减灾中心，加强机构和人才队伍建设，完善省市县三级海洋观测预报和防灾减灾体系。加快推进海洋观测台站、地波雷达监测系统等预报警报设施建设，增加监测观测密度和深度，形成海陆空一体的监测预报网络。着力突破风暴潮、赤潮、绿潮、海冰、海浪、地震海啸等重大海洋灾害精细化预警关键技术，提高海洋灾害监测预警水平。加强海洋气候气象研究，开展气候变化对沿海生态、社会、经济的潜在影响评估，研究制订海洋领域气候变化应对措施，推进海洋灾害风险评估、区划及警戒潮位核定工作。加强海洋气象灾害监测预警和服务能力建设，开展海洋气象灾害精细化预报技术研究，完善台风、寒潮、海上大风、海雾等气象灾害监测预警及应急服务系统。完善海洋灾害应急预案，健全管理机制，构筑海上安全生产和海洋灾害应急救助体系。加强海洋行政执法能力建设，保障用海秩序及海洋环境与生态质量。切实加强海事管理，积极发展海事仲裁业务。